生石灰的消毒原理是利用氧化鈣和水反應生成氫氧化鈣，使水質呈強堿性，導致病微生物和野雜魚蝦難以存活而死亡，從而達到清塘消毒的目的。對大多數繁殖型病原菌有較強的消毒作用。另外，生石灰能中和池內酸度，提高水體堿度，調節PH值；能與銅、鋅、鐵等結合而減輕水體毒性；促進池底厭氧菌群對有機質的礦化和腐殖質分解，使水中懸浮的膠體顆粒沉淀，提高池水的透明度；可改良底質，增加鈣肥，提高水生植物對鈣、磷的利用率，有利于浮游生物繁殖，保持水體良好的生態環境。很明顯，生石灰養魚有很多好處，但是在使用過程中也有很多需要注意的地方，否則會適得其反。

1.生石灰長時間在空氣中暴露會吸收二氧化碳變成粉末狀碳酸鈣，起不到清塘消毒的作用。因此生石灰最好現買現用，且選擇塊狀較輕、不含雜質的為好。若一次用不完剩下的生石灰用塑料袋扎口密封保存。

2.生石灰要加入水成漿后趁熱潑灑，忌將殘渣倒入池中，以免池魚誤食而死亡，更不可將整塊石灰扔到池中進行水體消毒。

3.生石灰忌與氮肥同時施用。生石灰與氮肥同時施用易使水中氨含量增高引起魚類氨中毒。同理，池水中氨氮含量高于1.2毫克／升時，也不宜放用生石灰。另外施銨態氮肥后隔一周后方可使用生石灰，切忌混用。

4.生石灰不能磷肥混用。施磷肥后若與生石灰混用，易使有效磷形成鈣鹽沉淀而損失。一般施生石灰后至少隔10－15天方可施磷肥。

5.生石灰不能漂白.粉、強氯精等鹵素類藥物混用。因為漂白.粉等為酸性藥物，生石灰為堿性藥物，若混用則酸堿中和，直接降低消毒功效。

6.生石灰忌與敵百.蟲同時施用。因為生石灰遇水生成氫氧化鈣，而在弱堿性條件下，敵.百蟲會發生化學反應生成敵敵畏，其毒性會增強10倍，且殘留期大大延長。

7.不能和硫酸銅等同時使用。水體中鈣離子的增加會導致銅離子的減少，大大降低硫酸銅的功效。同理，生石灰不能和鈣、鎂、重金屬鹽混用。

8. 不宜與有機絡合物混用。水溶性的有機絡合物與鈣離子生成不溶性的絡合物，降低絡合物療效。